نرم افزارهای بیوانفورماتیک از ابزارهای پیرو خط فرمان کوتاه، تا برنامه‌های گرافیکی پیچیده‌تر متفاوت هستند. این نرم‌افزارها شامل انواع رایگان و نیازمند پرداخت هزینه و همچنین نرم افزارهای تحت وب هستند که هر کدام کاربردهای مختلفی بر عهده دارند. در ادامه به همه آن‌ها پرداخته‌ایم.