روترها به منظور انجام عملیات فوق ، می بایست دو شبکه مجزا را بیکدیگر متصل نمایند. روتر باعث ارسال اطلاعات یک شبکه به شبکه دیگر  ،  حفاظت شبکه ها از یکدیگر و پیشگیری از ترافیک می گردد. با توجه به اینکه اینترنت از هزاران شبکه کوچکتر تشکیل شده است ، استفاده از روتر یک ضرورت است .

نرم افزارهای بیوانفورماتیک از ابزارهای پیرو خط فرمان کوتاه، تا برنامه‌های گرافیکی پیچیده‌تر متفاوت هستند. این نرم‌افزارها شامل انواع رایگان و نیازمند پرداخت هزینه و همچنین نرم افزارهای تحت وب هستند که هر کدام کاربردهای مختلفی بر عهده دارند. در ادامه به همه آن‌ها پرداخته‌ایم.